Al ser organismos autótrofos son el primer eslabón de toda cadena trófica. Son una fuente directa del alimento de muchos animales filtradores (fitófagos) como es el caso de los moluscos, y son el alimento en parte de los ciclos vitales de, por ejemplo, los crustáceos. También son una fuente indirecta de alimento para las larvas de peces carnívoros. En cultivos también se utilizan como base a la producción de zooplancton (rotíferos y Artemia).

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Si el cultivo de microalgas se mantenido en unas condiciones físico-químicas adecuadas, en el desarrollo de los huevos y larvas de peces marinos, desempeña un papel de filtro biológico y al mismo tiempo oxigenan el agua, en fases en las que la oxigenación por aireadores se intenta que sea la menor posible.

[column size=»1-2″ last=»0″ style=»1″]La producción masiva de microalgas se llevó a cabo por primera vez en Alemania durante la II Guerra Mundial, para la producción de lípidos. Su cultivo se ha desarrollado, existiendo ya unas 40 especies de microalgas utilizadas comúnmente como alimento en acuicultura.

Para su cultivo, las especies de microalgas se suelen seleccionar atendiendo fundamentalmente a su valor alimentario y a su facilidad de cultivo, aunque también es importante el tamaño de la célula, el tipo o naturaleza de la pared celular y la propia composición química.[/column]

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